医院实行科主任负责制，给予了科主任相应的责、权、利，同时也需要制定一套考核机制。华中科技大学同济医学院附属同济医院现行的一套考核办法经过两年实践证明是可行的。
科主任的管理一直是医院管理者们共同重视的问题。科主任的考核是管理工作中的重要环节之一，也是对科主任职责和绩效评估的依据。近二年来，华中科技大学同济医学院附属同济医院制定并实施了一套综合评价指标体系，对科室工作包括医疗、教学、科研、学科建设、人才培养、精神文明建设等方面进行评估，作为科主任业绩的体现方式并据以兑现奖惩。实践表明这是一套较为成功的办法。
2000年初，同济医院对临床、医技科室实行科主任负责制，并制定了科主任负责制实施细则。实施细则里包括了科主任任期内的目标与职责，科主任的权利，科主任的考核，科主任辞职、免职等内容。这些内容如何实施，实施结果如何兑现奖罚，这就需要有详细的，切实可行的综合评价体系。由此可见，建立一套客观，公正，操作性强的考核办法，是保障科主任负责制有效推行的关键环节之一.
2科主任考核的内容

对科主任的考核分为月度考核和年度考核两种，每种考核内容的着重点不同.但都做到尽可能量化.
2.1医疗工作考核，分月度考核与年度考核
月度考核:建立月度考核的基本指标。即出院人数，床位利用率，药品比例，收支结余额等4项硬指标。
年度考核:考核的内容有平均住院日，药费比例，病床利用率，甲级病案率，文明单位评奖次数，医疗纠纷，新技术、新业务，门诊工作等。
2.2教学工作考核，为年度考核
教学考核内容有教学工作完成情况(参考教学工作量)，教学改革，教学课题立项，教学论文，教学态度，教学秩序和教学效果等。
2.3科研工作考核，为年度考核
考核内容有课题申请，课题中标，成果鉴定，成果获奖，发表论文数(分统计源期刊、非统计源期刊)，专刊，专著,SCI收录的沦文等。
2.4学科建设与人才培养考核，为年度考核
学科建设考核内容有选留博士生、引进人才情况，是否申请国家级、部级、省级、校级重点学科，是否申请到学科建设基金、仪器设备基金、人才基金、名医启动工程基金、人才培养考核内容是否有年度人才培养汁划，计划落实情况，低年医、护、技培训情况，是否校211人才，院少、才，享受政府特贴专家，有突出贡献的专家，校特聘教授，博士后进站情况等。
2.5科主任满意度的考核，为年度考核
是科室内人员及院内相关单位对科主任的民主评议.考核内容有政治素质，管理能力，业务水平三项指标，分优秀，称职，基本称职，不称职。
3科主任考核的实施
月度考核:建立月度考核的基本指标。如前所述，出院人数，床位利用率，药品比例，收支结余额4项指标为硬指标。这4项指标每两项是一对，内含相互制约因素，其中药品比例越高，绩效成绩越差。根据医院前三年4项指标的平均值为基准，设定权数为100,4项指标的权重分别为30,20,20,30，借鉴沃尔比重计分法，计算出月度考核系数。科主任每月的奖励工资则是月度考核总分值x利一室月度人均劳务奖金士调节额，做到“上不封顶，下不保底”，科主任奖励工资由院长统一发放，发放时扣留一定比例，结合年度考核，进行第二次分配。
年度考核：实行科主任负责制后，从医疗、教学、科研等方面对科主任给予了职责和权力。年度考核则是对这些职责进行的综合考核。包括医疗指标达标状况，科研水平，教学状况，学科建设人才培养，职工满意度等5个方面。这5项指标的总分是100分，分别予以不同的权重计算综合分值，计算出综合考核结果。
医疗指标达标年终考核只占20%的权重，因为每月已经对医疗达标的情况进行了考核，而且对一科主任兑现了奖励工资。年终对教学、科研的考核给予了30%的权重，体现了教学、科研的考核是年终考核的重点。学科建设人才培养和职工满意度各占10%的权重。同济医院制定的《科主任负责制实施细则》有规定:科主任连续二年未完成年度工作目标任务，工作实绩差，在民主测评中不称职票超过20%或得基本称职和不称职票数共计超过50%.经考核确定为不称职，或者科室50%以上人员联名要求罢免科主任可以启动免职程序。因此，科主任的年终考核，既有医、教、研工作的各项“硬”指标，也有体现科主任思想作风，工作作风的“软”指标。
不论硬指标，软指标科主任都不能松懈，年终考核综合分值的排名，是科主任在全院的一次“亮相”。名次是从高分到底分排列的，年度奖金是年度考核总分值x每分值计算奖金额。奖金是采取集中发放的形式，院长按年终考核的排名，逐个给科主任发年终奖。奖金发放的数目不同是次要的，要重要的是给科主任思想上的压力和由此暗下决心把来年工作做好的思想动力。
4科主任考核的效果
二年多来，医院全面实施科主任负责制，建立科学的，客观的，操作性强的考核体系，充分发挥科主任的工作热情，尽职尽责，推动全院工作顺利进行。
4.1科主任是医院基层单位的管理者，负责医疗、教学、科研任务的具休实施，任务繁重。这些工作如果没有具体的考核措施，科主任很可能只注重医疗工作(医院进行了全成本核算)，其它的运作就是惯性运作了。有了全面的考核措施，而且具体到以分值计算，且分值与科主任的月奖励工资、年奖励工资挂钩，科主任们就得学会“弹钢琴”，使各项工作并驾齐驱。
4.2实行科主任负责制，通过竞聘上岗，一批学历高，有工作热情的年轻教授走上了主仟岗位。随着医院管理重心下移，科主任责、权、利结合运行机制的实施，可能产生少数科主任工作作风、民主作风的间题，考核制度是一种有效的监督机制。例如同济医院在推行科主任负责制管理中，个别科主任忽视了民主集中制原则，忽视了群众观念，受经济利益的趋动，有些我行我素的行为，引起群众的反感，不满情绪很大，几乎启动免职程序。通过考核反馈意见后，这个科主任震动很大.现在工作注意听取各方面意见，注意改进工作作风。再次考核时，这个以前职工要罢免的科主任，群众的满意度测评为“称职”。
4.3由于医疗市场竟争激烈，科主任对本学科的发展更具危机意识，各科室纷纷开展新业务、新技术，推出“同济特色”服务.近两年来全院开展新业务、新技术200项.提高了医院医疗质量，增强了医院的综合实力。如泌尿外科主任针对本科医师的不同专长制定其发展方向，派到国外学习，鼓励在专业领域内冒尖。二年来，几名年轻医师已脱颖而出，一些学科领域占据国内领先位置。泌尿外科近二年每年开展10多项新业务、新技术，吸引了大量病人前来就诊，使得科室兴旺发达。每年的年终考核，职工对该主任的评价全部为“优秀”。
4.4随着各项医疗改革的不断推进，医院的人事制度，运行机制正发生深刻变化，人才的竞争将是前所未有的科主任是学科带头人，又是擅长某些医疗技术的专家，必将是医疗市场的竞争对象。实行科主任负责制，规定了目标、职责、权力，规范了公开、公平、公正的考核，使科主任取得了较高的收益。同时，科主任负责制的顺利进行，有利于改善工作环境，理顺各种关系，给他们提供施展聪明才智的舞台，使他们体会到在综合性人医院，除经济收人外，还有更广阔的发展前景
4.5实行科主任负责制二年来，各项指标逐年突破

门急诊人次2000年比1999年上升0.6% , 2001年比2000年上升13.43%;出院人数2000年比1999年上升17.15%,2001年比2000年上升17.05%;病床利用率2000年比1999年上升1 64%,2001年比2000年上升12.97%;平均住院日2000年与1999年相同，2001年比2000年下降5.16%;住院手术台次2000年比1999年上升0.8%,2001年比2000年上升14.58%。
科研工作取得突破性进展，2001年共组织申报各类课题251项.获得批准l25项，获经费1392.8万元，是历年获经费最多的一年。近二年共发表各类学术论文1501篇，2001年比1999年发表数增长41.59%，组织成果鉴定20项，获各种成果奖29项，2001年成果获奖比1999年增长250%，创历史新高。